در پی حمله عده‌ای از تجمع‌کنندگان به سفارت و کنسولگری عربستان در تهران و مشهد پس از اعلام خبر اعدام شیخ نمر، حسن روحانی، رئیس جمهوری ایران ضمن محکوم کردن اعدام این روحانی شیعه، در عین حال گفت که حملات تجمع‌کنندگان یادشده «به هیچ عنوان قابل توجیه نیست» و «توهین به نظام» است.
حسن روحانی در بیانیه‌ای که در پایگاه خبری دولت در روز یکشنبه 13 دی انتشار یافت، گفت: «حرکتی که توسط جمعی افراد افراطی شب گذشته در تهران و مشهد صورت گرفت و به وارد آمدن خسارت به سفارت و کنسولگری کشور عربستان ـ که شرعاً و قانوناً باید در پناه جمهوری اسلامی ایران در امنیت باشد ـ منجر گردید، به هیچ عنوان قابل توجیه نیست و قبل از هر چیزی توهین به نظام و لطمه به آبروی جمهوری اسلامی ایران تلقی می‌شود.»
رئیس‌جمهوری ایران تأکید کرد که «همه مسئولان نظام، عزم قاطع دارند که با این خودسری‌ها و اعمال مجرمانه برخورد جدی شود.»
حسن روحانی در ادامه گفت: «از این رو، از وزیر کشور می‌خواهم که با همکاری قوه محترم قضائیه و وزارت محترم اطلاعات و با قاطعیت کامل، عاملان این تهاجم را شناسایی و برای اجرای عدالت به دستگاه قضایی معرفی کنند تا برای همیشه به اینگونه اعمال زشت پایان داده شود و امنیت کامل نمایندگی‌های سیاسی دولت‌ها در جمهوری اسلامی ایران تضمین گردد.»
عربستان روز شنبه 47 زندانی مخالف، از جمله شیخ نمر باقر النمر، روحانی سرشناس شیعه این کشور را اعدام کرد. شماری از اعدام‌شدگان را زندانیان وابسته به القاعده و داعش تشکیل می‌دهند، و خبرگزاری رویترز می‌نویسد که اعدام‌های روز شنبه هشداری بود در این زمینه که این کشور پادشاهی، هیچ حمله‌ای را چه از سوی اقلیت شیعه، و چه از سوی جهادگران سنی تحمل نخواهد کرد.
به دنبال اعلام این خبر، تجمع اعتراضی در مقابل سفارت عربستان در تهران برگزار شد و به گفته پلیس تهران شماری از «افراد خودسر» با ورود به این سفارت، به ساختمان آن خسارت وارد کرده‌اند.
در همین حال، گزارش‌ها حاکی است به رغم حضور پرتعداد نیروهای انتظامی تجمع‌کنندگان در مشهد نیز با پرتاب سنگ و مواد آتش‌زا به کنسولگری عربستان حمله کردند.
.»
آقای روحانی در عین حال در بیانیه روز یکشنبه خود شیخ نمر را «عالم مجاهد» توصیف کرده و اعدام او را «اقدامی غیرانسانی که در تعارض آشکار با حقوق بشر و ارزش‌های اسلامی است» خوانده و «شهادت» او را تسلیت گفت.
رئیس جمهوری ایران در ادامه بیانیه‌اش افزود که تردیدی ندارد که دولت عربستان با این اقدام، «وجهه خود را در بین کشورهای جهان به ویژه کشورهای اسلامی بیش از پیش مخدوش کرده است.»
او چنین اقدامی را «در راستای سیاست‌های فرقه گرایانه و دامن زدن به تروریسم و افراط در منطقه و جهان که در سال‌های اخیر منجر به بی‌ثبات کردن منطقه و ایجاد جنگ و درگیری شده» خواند.
رئیس جمهوری ایران سپس گفت که «اگرچه مردم ایران در کنار مسلمانان جهان این اقدام غیراسلامی را به شدت محکوم می‌کنند» اما «اجازه نمی دهند که این جنایت، دستمایه افراد و گروه‌های خودسر در کشور برای انجام اعمال غیر قانونی و هتک حیثیت نظام مقدس جمهوری اسلامی شود.»
